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重点实验室领导机构：河口生态安全与环境健康重点实验室依托厦门大学嘉庚学院为相对独立的科研实体，实行学校领导下、学术委员会指导下的主任负责制。设主任1名，全面负责重点实验室的科学研究、学术活动、人员聘任、财务支出等管理工作；设主任助理1名，专职的实验室科研秘书1名，协助主任工作。
重点实验室主任1人，首任重点实验室主任由环境学院卢昌义院长出任，今后通过海内外招聘；重点室主任助理1人，由目前我院资源与环境研究所刘兴强老师兼任。
重点实验室将成立学术委员会：学术委员会由国内优秀专家组成，发挥专家指导的作用。该机构主要职责为把握重点实验室研究方向，审核科研课题，参加论证大型仪器购置，为重点实验室学术研究进行指导。第一届委员会成员暂定9人（今后根据需要进行调整补充）：
主任委员：袁东星（厦门大学教授、博导，厦门大学环境与生态学院教授委员会主任）
副主任委员：余兴光（国家海洋局第三海洋研究所所长，研究员、博导）
委员（按姓氏笔画排列）
委员：王大志（厦门大学教授、博导，环境与生态学院副院长，省2011水环境科学与安全协同创新中心主任）
委员：仝川（福建师大教授、博导，国家林业局福建闽江河口湿地生态定位站站长，亚热带湿地研究中心副主任）
委员：叶功富（福建省林业科学研究院，副院长，沿海防护林研究专家，研究员，博导）
委员：刘明华（福州大学教授、博导，环境与资源学院院长）
委员：苑宝玲（华侨大学教授、博导）
委员：谢小青（厦门水务集团中环污水处理公司总经理，教授级高工）
委员：卢昌义（厦门大学教授、博导，厦门大学嘉庚学院环境科学与工程学院院长，本重点实验室主任）
四个研究方向：
1.河口湿地生态修复研究室：金亮博士（环境科学与工程专业教研室主任，副教授、硕导）
2.河口流域特征污染物研究室：孙鲁闽博士（专任教师，副教授，硕导）
3.饮用水与水产品安全研究室：马嫱博士（专任教师，硕导）
4.河口流域水污染监测和防治研究室：刘兴强博士（专任教师，副教授，硕导）
